关于返祖商铺是否合法这一问题，需要明确指出其确实属于违法行为。返租商铺是房地产开发企业通过将一家大型综合购物中心划分为成百上千个面积较小的独立产权店铺，以出售给小型业主。在此过程中，房地产开发企业还会与其购买者签订协议，称为返祖合同。此项协议规定，在特定时期内，商铺的管理和运营权归房地产开发企业所有。作为回报，他们承诺按照双方协商确定的时间表，向每位小型业主定期支付固定的租金费用。

《商品房销售管理办法》第十一条
房地产开发企业不得采取返本销售或者变相返本销售的方式销售商品房。
房地产开发企业不得采取售后包租或者变相售后包租的方式销售未竣工商品房。