房产证共有份额约定为1%和99%，可通过以下方式实现：
1.签订书面协议：
双方应详细签订书面协议，这是明确权利义务的重要依据。
协议中需清晰说明各自在房产共有中的具体份额，如一方占1%，另一方占99%。
同时，要对管理责任进行细致划分，比如房产的日常维护、保养费用的承担比例等。
处分权限也要明确，像是否可以单独出租部分房间等细节都应涵盖其中，这样的协议在法律上是有效的。
2.注明份额比例：
在办理房产证时，要明确在证上标注双方的共有份额分别为1%和99%。
这能起到公示作用，让外界清楚了解双方的权利范围，避免产生不必要的误解。
3.约定管理方式：
对于日常维修、出租等事务，可约定决策方式。
比如按份额比例投票决定，或者双方协商一致后再执行。
4.处分限制：
房产的出售、抵押等重大处分行为，一般需双方共同同意。
但也可在协议中约定特殊情况，如一方在另一方长期失联时的特别授权等。
通过书面协议和房产证标注，能减少日后纠纷。

案情回顾:

小朱与小李共同购买房产，约定份额为1%和99%。小朱认为应按份额承担维修费用，小李则觉得应平均分担，且小李未经小朱同意欲出租部分房间，双方产生争议。

案情分析:

1、双方应签订书面协议明确各自份额、管理责任及处分权限等，若未签订或约定不明易引发纠纷，如本案中维修费用承担问题。
2、办理房产证时应注明份额比例，起到公示作用，明确双方权利范围，避免外界误解及内部矛盾。
3、对于日常事务管理方式应事先约定，如按份额投票或协商一致，防止出现一方擅自决策情况。
4、房产重大处分行为原则上需双方同意，特殊情况可约定特别授权，保障特殊情形下房产事务的处理。