在房产相关事务中，是可以在房产证上约定双方份额的，以下为你详细说明：
一、法律依据
我国《民法典》有明确规定，不动产能够由两个以上的组织或者个人共同拥有。
这里的共有形式分为按份共有和共同共有。
其中，按份共有人对于共有的不动产，会依据其自身所占份额来享有相应的所有权。
这也就意味着，产权人完全可以通过协商约定的方式，清晰明确地界定各自在房产中所占的份额。
二、约定方式
当涉及办理房产证时，产权人若要约定份额，需向不动产登记部门提出申请。
在申请过程中，要明确说明各自希望所占房产的份额比例。
不动产登记部门在收到申请并审核通过后，会将这份份额情况准确无误地记载于不动产登记簿上，同时也会在房产证上予以体现。
三、效力
这种在房产证上约定份额的行为是具有法律效力的。
在房产后续的一系列事务中，这样能有效保障各方的合法权益。

案情回顾:

小朱和小李共同出资购买一套房产，准备办理房产证。小朱认为应按出资比例约定双方在房产证上的份额，自己出资多应占60%，小李则认为应平均分配份额，双方产生争议。

案情分析:

1、根据《民法典》规定，不动产可由两个以上组织或个人共有，共有形式包括按份共有和共同共有。按份共有人按自身份额享有所有权，小朱主张按出资比例确定份额有法律依据。
2、若要约定份额，需向不动产登记部门申请，明确份额比例，审核通过后会在登记簿和房产证体现。此约定有法律效力，后续房产处分、分割等会按约定份额确定权利义务。