关于违建房屋的所有权归属问题，需要明确以下几个关键要点：
一、违建房屋不受法律保护，无合法所有权
在正常情况下，违建房屋是不被法律所认可和保护的，不存在合法意义上的所有权。
我国有一系列严格的法律法规来规范房屋建设，合法的房屋所有权必须要通过合法的建设审批等一系列程序才能取得。
只有这样建成的房屋，其所有权才是合法有效的。
二、相关部门有权依法处理违建房屋
违建房屋由于违反了城乡规划等法律法规，相关部门有权依法对其进行处理。
常见的处理方式包括责令限期拆除等。
在违建房屋未经过合法处理，并且没有补办相关手续使其合法化之前，是不能认定其具有合法的所有权归属的。
例如，一些未经许可在耕地上建设的房屋，就会被依法责令拆除。
三、占有使用不等于拥有合法所有权
即便违建房屋在事实上被某些人占有、使用，但这并不等同于其拥有合法的所有权。
从法律层面看，违建房屋不能像合法房屋那样进行正常的产权登记和交易等。
所以，违建房屋不存在受法律认可的所有权。

案情回顾:

小朱未经审批在耕地上建造房屋，建成后一直占有使用。相关部门发现后责令其限期拆除，小朱认为自己占有使用该房屋就拥有所有权，与相关部门产生争议。

案情分析:

1、违建房屋不受法律保护，小朱未经合法建设审批程序，其建造的房屋不存在合法意义上的所有权。
2、相关部门有权依法处理违建房屋，小朱的房屋建在耕地上违反法规，相关部门责令拆除是依法行事，在未合法化前不能认定其有合法所有权。
3、占有使用不等于拥有合法所有权，小朱虽实际占有使用该违建房屋，但不能等同于拥有合法所有权，该房屋不能进行正常产权登记和交易。