当借名买房协议被认定无效后，赔偿问题的处理方式通常如下：
一、返还财产
借名人需要把房屋归还给房屋的出名人。
因为借名买房协议无效，房屋的实际所有权应回归到出名人名下。
同时，出名人也有义务将借名人当初支付的购房款以及与购房相关的其他费用，如数返还给借名人。
二、过错赔偿
1.单方过错情形：若一方对协议无效存在过错，那么，该过错方应当对另一方因此而遭受的损失进行赔偿。
这些损失的范围比较广泛，可能包含购房款在一定时期内产生的利息损失，以及房屋在市场上增值部分的损失等。
2.双方过错情形：若双方都清楚借名买房存在风险，却依然签订了该协议，那么在协议无效后，双方应根据各自过错的程度来分担损失。
三、具体赔偿数额确定
一般要结合实际的具体情况来判定赔偿数额。
双方可以先进行协商，确定一个双方都能接受的赔偿数额。
如果协商无法达成一致，那么可以通过诉讼的方式解决，由法院依据具体的证据和相关法律规定，作出公正的裁决。

案情回顾:

小朱与小李签订借名买房协议，后该协议被认定无效。小朱要求小李归还购房款及相关费用，小李则要求小朱归还房屋。此外，小朱认为小李擅自处分房屋致协议无效，要求小李赔偿损失，双方就赔偿问题产生争议。

案情分析:

1、关于返还财产，小朱应把房屋归还给小李，小李需将小朱支付的购房款、定金、税费等如数返还。
2、在过错赔偿方面，若小李擅自处分房屋存在过错，应赔偿小朱利息损失、房屋增值部分损失等；若双方都明知风险仍签协议，则按各自过错分担损失。
3、具体赔偿数额需结合小朱装修投入、另行购房差价等确定，可协商，协商不成通过诉讼由法院裁决。