1、小产权房没有国家发的土地使用证和预售许可证，国土房管局也不会给购房合同备案，小产权买卖不受法律保护;而商品房是经国家批准建设的，买卖受国家法律保护。
2、购买小产权房拿不到国家颁发的办理房产证、土地使用证、契税证;而商品房由国家颁发产权证、国有土地使用证、契税证。
3、小产权房不具有房屋合法所有、转让、处分、收益等权利;商品房具有。
4、买小产权房不能办理贷款，只能一次性或分期付款;而购买商品房可以办理按揭贷款，满足条件的还可以办理公积金贷款。

《土地管理法》第十一条规定，农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理;已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理;已经属于乡(镇)农民集体所有的，由乡(镇)农村集体经济组织经营、管理。