夫妻共同经营的公司在离婚时的处理方式较为复杂，具体如下：
①股权分割方面：首先要精准确定夫妻双方在公司里各自所占的股权份额，通常依据出资比例来进行划分。
在实际操作中，夫妻双方可以友好协商，决定由其中一方持有全部股权，然后给予另一方相应的经济补偿；也可以将股权进行转让，找到合适的买家，以实现股权的合理处置。
②公司经营管理层面：倘若夫妻双方都有继续经营公司的意愿，那么就可以通过协商来确定由谁来负责公司的日常经营管理，而另一方则可以享有与自己股权份额相对应的权益。
但如果双方无法达成一致意见，就需要由法院根据公司的实际情况来做出判决，以确保公司的正常运营不受离婚事件的过多影响。
③债务承担方面：公司在婚姻存续期间所产生的债务，如果这些债务是用于公司的共同经营活动，那么一般会被视为夫妻共同债务，由夫妻双方共同承担。
不过，具体的债务承担情况还需要根据债务的性质、用途以及其他相关因素进行综合判断，不能一概而论。
④公司章程方面：如果公司章程中存在特殊的约定条款，那么在处理离婚时共同经营的公司事宜时，就应该严格按照公司章程的约定来进行处理。
总之，离婚时对于共同经营的公司的处理，需要全面、综合地考虑多个方面的因素。
夫妻双方应尽量保持理性，通过友好协商的方式来解决问题。
如果协商无法达成一致，也可以通过诉讼途径来寻求司法解决，以保障双方的合法权益。

案情回顾:

小朱与小李是夫妻，共同经营一家公司。后两人离婚，在公司处理上产生争议。股权分割上对份额认定有分歧；经营管理方面，双方都想负责日常经营；债务承担上，对部分债务是否为共同债务存争议；公司章程有无特殊约定也不明确。

案情分析:

1、股权分割方面，应精准确定双方股权份额，一般按出资比例划分。双方可协商由一方持全部股权并补偿另一方，或转让股权。
2、公司经营管理层面，若双方都有意愿，需协商确定管理者，另一方享对应权益，协商不成由法院判决。
3、债务承担方面，婚姻存续期用于共同经营的债务通常为共同债务，但需综合判断。
4、公司章程有特殊约定的，应按约定处理。