企业在海关备案的方式：
1.注册用户登录备案申请系统后，在申请新备案窗口内填写申请备案的相关信息。
2.缴纳备案费。
3.将已录入的备案申请数据打印成纸面申请书并加盖申请人或代理人印章，连同备案费缴款凭据复印件和其他相关材料邮递至海关总署。

《中华人民共和国海关法》第三十三条
企业从事加工贸易，应当按照海关总署的规定向海关备案。加工贸易制成品单位耗料量由海关按照有关规定核定。
加工贸易制成品应当在规定的期限内复出口。其中使用的进口料件，属于国家规定准予保税的，应当向海关办理核销手续；属于先征收税款的，依法向海关办理退税手续。
加工贸易保税进口料件或者制成品内销的，海关对保税的进口料件依法征税；属于国家对进口有限制性规定的，还应当向海关提交进口许可证件。