当合同纠纷中的一方公司已注销时，具体的处理方式如下。
倘若该公司在注销过程中进行了清算，并且清算主体是明确的，那么就可以向这个清算主体去主张自己的权利，让其在清算的范围之内承担相应的责任。
要是公司没有进行清算，或者清算主体不清晰，这时就可以选择通过诉讼的途径来解决问题，把注销的公司以及其清算主体一同列为共同被告，请求法院作出判决，让他们承担合同责任。
在这里，一定要留意诉讼时效的问题，通常诉讼时效是三年，要从知晓或者应当知晓自己的权利受到侵害的那一天开始计算。
在整个处理的过程当中，必须要收集并且妥善保留相关的证据，像是合同、往来的函件等等，这些证据能够有力地支持自己的主张。
总之，一定要依据具体的情况，灵活地运用各种法律手段，坚决维护自身的合法权益。