公司股份变动的操作程序如下：首先由申请者携带公司变更登记申请书；其次是指定代表或者共同委托代理人的证明以及指定代表或委托代理人的身份证明文件复印件等相关资料前往市级行政服务中心工商管理局的办事窗口提交申请；接着，如果工商管理局认定申请者所提交的申请材料齐全且符合法定要求，将颁发一份登记决定通知书；在完成以上步骤之后，工商管理局会对变更申请进行全面审核，若经核准后符合变更登记的各项条件，则将予以正式变更。

《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第四十六条
市场主体未依照本条例办理变更登记的，由登记机关责令改正；拒不改正的，处1万元以上10万元以下的罚款；情节严重的，吊销营业执照。
第二十四条
市场主体变更登记事项，应当自作出变更决议、决定或者法定变更事项发生之日起30日内向登记机关申请变更登记。
市场主体变更登记事项属于依法须经批准的，申请人应当在批准文件有效期内向登记机关申请变更登记。