区别：
一、内涵不同，工厂，又称制造厂，是一类用以生产货物的大型工业建筑物。
公司是依照公司法在中国境内设立的是以营利为目的的企业法人。
二、法律地位不同，公司是企业法人，工厂可能不是法人。

《公司法》第二条
本法所称公司是指依照本法在中国境内设立的有限责任公司和股份有限公司。
第三条
公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。
公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；
股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。