未缴纳的出资款会纳入公司财产进行清算。清算组会清理公司财产、编制资产负债表和财产清单，之后制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。管理人会要求股东缴纳未缴纳的出资款，然后进行清算。
法律依据：
《中华人民共和国企业破产法》第三十五条
人民法院受理破产申请后，债务人的出资人尚未完全履行出资义务的，管理人应当要求该出资人缴纳所认缴的出资，而不受出资期限的限制。