保健品注册专利的流程：
首先，当事人提交请求书、说明书及其摘要和权利要求书等文件。
然后，专利行政部门进行十八个月的初步审查，并自申请日起三年内，进行实时审查。
最后，审查通过的，发给发明专利证书，同时予以登记和公告。

《专利法》第二十六条
申请发明或者实用新型专利的，应当提交请求书、说明书及其摘要和权利要求书等文件。
《专利法》第三十四条
国务院专利行政部门收到发明专利申请后，经初步审查认为符合本法要求的，自申请日起满十八个月，即行公布。国务院专利行政部门可以根据申请人的请求早日公布其申请。