申请专利的部门：
1、国家知识产权局，管理全国的专利工作(包括知识产权涉外事宜;没有直接处理和调解专利纠纷的行政执法权力;具有指导地方法规制定和执法业务，以及指定管辖的职能)。
2、地方管理专利工作的部门设置，省级人民政府(省、自治区知识产权局;直辖市知识产权局)，地州级(含)以上人民政府(各省、自治区首府城市知识产权局;计划单列市知识产权局;各地(州)级市知识产权局;直辖市各城区知识产权局)。
3、地方管理专利工作部门的职能，处理职能：A、认定侵犯专利权行为是否成立。B、查处假冒专利行为。

《专利行政执法办法》第二十七条
因专利申请权或者专利权的归属纠纷请求调解的，当事人可以持管理专利工作的部门的受理通知书请求国家知识产权局中止该专利申请或者专利权的有关程序。
经调解达成协议的，当事人应当持调解协议书向国家知识产权局办理恢复手续;达不成协议的，当事人应当持管理专利工作的部门出具的撤销案件通知书向国家知识产权局办理恢复手续。自请求中止之日起满1年未请求延长中止的，国家知识产权局自行恢复有关程序。