当集体财产被个人侵占时，有以下这些处理途径。
其一，集体组织应当及时向当地县级以上人民政府的农业农村等相关部门进行报告。
这些部门拥有专业的人员和职责，会立刻对报告予以重视，依法展开调查处理工作。
他们会仔细核实侵占行为的相关情况，通过各种调查手段，确定侵占的事实。
一旦查实，便会责令侵占人限期退还集体财产。
如果侵占人无视法律规定，坚决不退还集体财产，相关部门就会采取强有力的措施，比如扣押侵占人的相关财物、查封其可能用于藏匿集体财产的场所等，以此来迫使侵占人履行退还义务。
其二，集体组织还可以选择向人民法院提起诉讼。
这是维护集体合法权益的重要途径之一。
在诉讼过程中，集体组织必须提供充足的证据，这些证据要能够清晰地证明集体财产的归属权确实属于集体，以及被个人侵占的具体事实。
法院会严格依据相关的法律法规进行审理和判决。
在法律的框架下，公正地裁决侵占人是否应当返还集体财产，并确定侵占人需要赔偿给集体的损失金额。
通过法律诉讼，能够有力地打击个人侵占集体财产的行为，维护集体的整体利益和合法权益。

案情回顾:

小朱作为集体组织代表发现小李侵占集体财产。小朱先向农业农村部门报告，部门调查后责令小李退还，小李拒不退还。随后集体组织又向法院起诉，争议点在于能否通过这些途径有效让小李退还财产及确定赔偿金额。

案情分析:

1、农业农村部门接到报告后依法调查处理，责令退还符合规定，面对小李拒不退还采取扣押、查封等措施，是为迫使侵占人履行义务，符合相关程序和职责要求。
2、集体组织向法院起诉，需提供财产归属及侵占事实证据，法院依据法规审理判决，能确定小李是否返还财产及赔偿金额，有效维护集体权益。