在适用了认罪认罚制度之后，若最终无法启动诉讼程序，则该案件将无案底记载。
所谓不予起诉，即该案尚未进入司法审判阶段，并未被认定为刑事犯罪，相应地也无法产生犯罪记录（即案底）。
案底的概念特指个体曾经发生过违法或犯罪行为的历史记录。
因此在当前情况下，由于被告未被确认有罪，故不存在案底这一说法。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条
【依法不追诉原则】有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。