关于非法经营犯罪中对违法所得数额的认定原则通常是指从所有通过实施非法经营行为所获得的总收入中予以扣除直接与经营活动相关的合理开支后所得到的剩余部分。
然而，在实际的鉴别过程中，我们会综合考量包括但不限于交易记录、会计账目以及银行资金流等在内的多方面证据材料，从而精确地确定这些余额。
值得我们注意的是，各种各样的经营行为和个案状况都有可能影响到具体的司法鉴定方法及过程。

《最高人民法院最高人民检察院关于办理非法生产、销售烟草专卖品等刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第四条
非法经营烟草专卖品，能够查清销售或者购买价格的，按照其销售或者购买的价格计算非法经营数额。无法查清销售或者购买价格的，按照下列方法计算非法经营数额：查获的卷烟、雪茄烟的价格，有品牌的，按照该品牌卷烟、雪茄烟的查获地省级烟草专卖行政主管部门出具的零售价格计算；无品牌的，按照查获地省级烟草专卖行政主管部门出具的上年度卷烟平均零售价格计算。