在明确强奸罪已立案之后，通常会依照如下程序依次展开：首先，立案侦查是至关重要的环节，公安部门在接获报案情况后，应当针对所涉事实进行详尽而深入的调查核实，如果发现具备立案的充足条件，便应依据相关法律法规予以正式立案并启动侦查工作；其次，证据收集也是不可忽视的一环，侦查机关应当全力以赴搜集各项相关证据，例如进行现场勘查、收集证人证言、采集物证以及提交鉴定意见等等；紧接着，如果判定有必要对犯罪嫌疑人采取逮捕措施时，侦查机关将立即向人民检察院提出申请，请求批准逮捕犯罪嫌疑人；随后，经过侦查阶段的工作完成后，案件将移交至人民检察院进行审查，由其决定是否向法院提起公诉；最后，若检察院决定提起公诉，法院将会公开审理此案，听取控辩双方的意见，并根据法律规定作出公正判决。此外，被告人或者检察院对于判决结果持有异议的话，可以向上一级法院提出上诉。待判决生效后，则需按照判决内容执行相应的刑罚。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十二条
人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案，并且将不立案的原因通知控告人。控告人如果不服，可以申请复议。