首先，我们需要明确的是，对于一般的刑事案件来说，通常要经历公安机关、检察院以及法院三个重要流程。
在这些流程中的任意阶段中，当事人都有机会上交赃款。
然而，从法律角度来看，每个时期交付赃款各有利弊之处。
大多数的当事人选择在法院这个步骤时向法庭退还赃款，不过值得注意的是，检察机关有可能在指控罪名时表现更为严苛。
至于在检察机关退赃的情况，并不需要转移至公诉科，而是直接返还给检察院。
在此环节中，公诉人员将会提示银行账号，同时也会出具相关的法律文件，比如关于扣押涉案赃款的决定书和通知书等。
当你在银行将款项转至专用账户之后，他们会为你开具一份入账凭证；而后，你可以再前往检察院，检察院的财务部门将会为你提供一份正式的发票。
其次，如果涉及到职务犯罪案件的话，那么其就仅需经过检察院和法院两个关键环节即可。
同样地，在这两个机构中都有机会进行赃款的返还。

《刑事诉讼法》第三百条
人民法院经审理，对经查证属于违法所得及其他涉案财产，除依法返还被害人的以外，应当裁定予以没收；对不属于应当追缴的财产的，应当裁定驳回申请，解除查封、扣押、冻结措施。
对于人民法院依照前款规定作出的裁定，犯罪嫌疑人、被告人的近亲属和其他利害关系人或者人民检察院可以提出上诉、抗诉。