如果只是普通的协助调查，是不会留有案底的。
案底在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，而该犯罪档案一般存放至公安部门保存。没有任何人可以撤除，否则就是违规违法。对于未成年人犯罪的，法定情形下，可以封存犯罪记录。协助公安配合调查时不会留有案底的，根据有关法律的规定公安有义务对登记的信息进行保密。
犯罪记录保存的时间：
刑事犯罪记录永久保存，任何时间都可以在公安机关系统网内查询到。但未成年人犯罪，且判刑时间在五年以下的，实施犯罪记录封存制度，除办案需要外，不得对外查询。

《公安机关办理犯罪记录查询工作规定》第二条
本规定所称的犯罪记录，是指我国国家专门机关对犯罪人员的客观记载。除人民法院生效裁判文书确认有罪外，其他情况均应当视为无罪。
有关人员涉嫌犯罪，但人民法院尚未作出生效判决、裁定，或者人民检察院作出不起诉决定，或者办案单位撤销案件、撤回起诉、对其终止侦查的，属于无犯罪记录人员。
《公安机关办理犯罪记录查询工作规定》第三条
公安部建立犯罪人员信息查询平台。查询结果只反映查询时平台录入和存在的信息。