公司工资分两部分发是否合法要根据具体情况而定，只要没有克扣和拖欠工资，一般都是没问题的。
用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
(四)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。

《劳动法》第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
第九十一条
用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
(四)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。