在涉及到合同诈骗罪这一复杂的法律问题时，倘若主犯对其所涉罪行予以否认，那么司法机构将会采取全方位的证据搜集策略以确认其犯罪事实。
这些证据形式包括但不限于书证、物证、证人证言、被害人陈述以及鉴定意见等等。
针对主犯矢口否认的情形，司法机构将对各类证据进行深入细致的综合审查，以确保它们能够相互印证，从而构建出一个完整且严密的证据链条。
若经审查后发现证据确凿充分，足以证实其犯罪行为，即便主犯仍坚持否认，司法机构亦可依据相关法律法规对其进行定罪量刑。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条
【重证据、重调查研究、不轻信口供原则】对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
证据确实、充分，应当符合以下条件：
（一）定罪量刑的事实都有证据证明；
（二）据以定案的证据均经法定程序查证属实；
（三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。