在刑事拘留三天后，案件是否会留下记录或案底，取决于最终的处理决定。
假设经过详细的侦查工作之后，发现被拘留者并无犯罪事实存在，或者其犯罪行为显而易见地轻微，无需对其进行进一步的法律追责，那么这场拘留便未曾触犯任何法律条款，因而也不会留下案底。
但是，若是被判定有罪并且被处以刑法规定的相应惩罚，那么这起事件将毫无疑问地留下案底。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条
【依法不追诉原则】有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。