依据我国现行的《中华人民共和国刑事诉讼法》第九十九条相关法规之规定，若公安部门或人民检察院侦查团队发现其工作人员有采用非法手法收集证据的行为，必须对此进行深入细致的调查核实。倘若确认确有非法收集证据的事实发生，则应向有关方面提出纠正意见；若情节严重者，甚至可能涉及到刑事责任的追究。就您所描述的情况来看，若刑事拘留已超出45天的法定时限，那么这很可能表明侦查机构在法定的拘留期限内尚未能够完成全部侦查任务，或者存在着非法延长拘留期限的违规现象。按照我国《中华人民共和国刑事诉讼法》的明确规定，公安机关对犯罪嫌疑人实施拘留的时间上限为30日；而对于那些流窜作案、多次作案以及结伙作案的重大嫌疑分子而言，拘留期限可适当延长至37日。但若超过此期限，侦查机构便需依法变更强制措施，例如申请逮捕令或者采取其他法律许可的手段。若侦查机构在拘留期限内无法完成侦查工作，也须依法申请逮捕令或者采取其他法律许可的手段。若侦查机构非法延长了拘留期限，这无疑将构成违法行为，必须对此展开深入调查核实，并根据调查结果采取相应的纠正措施或追究刑事责任。因此，当刑事拘留超过45天时，首要任务便是查明是否存在非法延长拘留期限的情况。若经证实确有此事，则必须依法进行深入调查核实，并根据调查结果采取相应的纠正措施或追究刑事责任。若侦查机构在法定时限内未能完成侦查工作，同样需要依法申请逮捕令或者采取其他法律许可的手段。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第九十九条
公安机关或者人民检察院发现侦查人员以非法方法收集证据的，应当进行调查核实。对确有以非法方法收集证据情形的，应当提出纠正意见；构成犯罪的，依法追究刑事责任。