制毒物品犯罪中认定被告人明知是毒品的方式如下：1、改变产品形状、包装或者使用虚假标签、商标等产品标志的；2、以藏匿、夹带或者其他隐蔽方式运输、携带易制毒化学品逃避检查的；3、抗拒检查或者在检查时丢弃货物逃跑的。

《关于办理制毒物品犯罪案件适用法律若干问题的意见》第二条
对于走私或者非法买卖制毒物品行为，有下列情形之一，且查获了易制毒化学品，结合犯罪嫌疑人、被告人的供述和其他证据，经综合审查判断，可以认定其明知是制毒物品而走私或者非法买卖，但有证据证明确属被蒙骗的除外：
1、改变产品形状、包装或者使用虚假标签、商标等产品标志的；
2、以藏匿、夹带或者其他隐蔽方式运输、携带易制毒化学品逃避检查的；
3、抗拒检查或者在检查时丢弃货物逃跑的；
4、以伪报、藏匿、伪装等蒙蔽手段逃避海关、边防等检查的；
5、选择不设海关或者边防检查站的路段绕行出入境的；
6、以虚假身份、地址办理托运、邮寄手续的；
8、以其他方法隐瞒真相，逃避对易制毒化学品依法监管的。