非法持有毒品原植物种子罪的处罚：
1、一般情况下，非法持有未灭活的毒品原植物种子，数量较大，构成犯罪的，会判处三年以下有期徒刑、拘役或管制，并处或单处罚金。
2、非法持有毒品原植物种子罪的对象为，未灭活的毒品原植物种子；未灭活的，即持有灭活毒品原植物的种子不构成本罪。

《中华人民共和国刑法》第三百五十二条
非法买卖、运输、携带、持有未经灭活的罂粟等毒品原植物种子或者幼苗，数量较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。