包庇毒品犯罪分子罪的立案标准，主要包括：
1、为走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子作虚假证明,帮助掩盖罪行的;
2、帮助毒品犯罪分子取得虚假身份或身份证件的;
3、帮助毒品犯罪分子隐藏、转移或者毁灭证据的;
4、其他方式包庇毒品犯罪分子的。

《最高人民检察院公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（三）》第三条
包庇走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子,涉嫌下列情形之一的,应予立案追诉:
(一)作虚假证明,帮助掩盖罪行的;
(二)帮助隐藏、转移或者毁灭证据的;
(三)帮助取得虚假身份或者身份证件的;
(四)以其他方式包庇犯罪分子的。
实施前款规定的行为,事先通谋的,以走私、贩卖、运输、制造毒品罪的共犯立案追诉。