非法经营罪立案最低标准金额是两万元。
最高人民检察院、公安部关于印发

《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》的通知中，第七十九条
中规定：
1.个人非法经营数额在五万元以上的，单位非法经营数额在十五万元以上的；
2.个人违法所得数额在二万元以上的，单位违法所得数额在五万元以上的；
3.个人非法经营报纸五千份或者期刊五千本或者图书二千册或者音像制品、电子出版物五百张（盒）以上。