非法拘禁罪通常情况下由公安机关进行立案调查。
公安机关肩负着保障公共安全以及打击犯罪活动的重大使命。
当接收到有关非法拘禁行为的举报信息或者相关线索之后，公安机关将依照法律法规启动侦查程序，全面搜集各项证据资料，力求准确无误地还原案件真相。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十九条
【职能管辖】刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。
人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民检察院立案侦查。对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。
自诉案件，由人民法院直接受理。