擅自发行股票债券罪的立案标准是：
1、擅自发行股票债券，非法募集资金金额超过一百万元的；
2、募集的资金全部或主要用于违法犯罪活动的；
3、导致投资者的直接经济损失数额累计超过五十万元的；
4、其他后果严重或情节严重的情形。

《最高人民检察院公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》第二十九条
未经国家有关主管部门批准或者注册，擅自发行股票或者公司、企业债券，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）非法募集资金金额在一百万元以上的；
（二）造成投资者直接经济损失数额累计在五十万元以上的；
（三）募集的资金全部或者主要用于违法犯罪活动的；
（四）其他后果严重或者有其他严重情节的情形。
本条规定的“擅自发行股票或者公司、企业债券”，是指向社会不特定对象发行、以转让股权等方式变相发行股票或者公司、企业债券，或者向特定对象发行、变相发行股票或者公司、企业债券累计超过二百人的行为。