主体要件不同，这是职务侵占罪和贪污罪最主要、最本质的区别。本罪的主体是公司、企业或者其他单位的人员。贪污罪的主体则只限于国家工作人员，其中包括在国有公司、企业或者其他公司、企业中行使管理职权，并具有国家工作人员身份的人员。
犯罪行为不同，本罪是利用职务的便利，侵占本单位财物的行为。而贪污罪是指利用职务上的便利侵吞、盗窃、骗取公共财物的行为。
犯罪对象不同。本罪的对象必须是自己职权范围内或者是工作范围内经营的本单位的财物。它既可能是公共财物，也可能是私有财物。而贪污罪则只能是公共财物。
情节要件的要求不同。本罪的构成必须是侵占公司、企业财物数额较大的行为，数额较小的不构成犯罪。但法律对贪污罪没有规定数额的限制。当然如果犯罪数额较小，情节显著轻微危害不大的贪污行为不应认为是犯罪。
法定刑上有所不同。本罪的最高法定刑只有十五年有期徒刑，而贪污罪的最高法定刑为死刑。

《中华人民共和国刑法》第二百七十一条
公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金;数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金;数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。