即使已经归还所侵占的款项，职务侵占罪的立案调查仍有可能继续进行。职务侵占，意即公司、企业或其他各类机构内的职员，利用其职位的便利条件，将所在单位的财产非法据为已有，且涉案金额达到特定标准以上之严重犯罪行为。对于已构成职务侵占罪的被告而言，无论他如何处理所侵占的资金，都无法改变该罪行已然既成事实的真相，因此仍然存在被立案调查的可能性。
然而，如果被告能积极退还赃款，将会得到适当减轻刑罚的优待。

《刑法》第二百七十一条
公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金;数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金;数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。