在审理强奸罪案时，审判机构通常会遵循如下程序：
1.核实事实：首先将在充分调查并掌握各类证据基础上，确认被告人所实施的实际行为、受害者的具体陈述，以及实物证据及其他证人的证言等，从而明确被告人是否真的履行强奸行为。
2.依据法律：接下来，根据我国《中华人民共和国刑法》第二百三十六条的相关规定，裁定被告人之行为是否符合强奸罪的法律定义，同时也需要评估是否存在任何可能导致量刑加重的情节。
3.衡量刑罚：在考虑到被告人的犯罪情节，例如是否采取暴力、威胁等手段，受害者的年龄、受害后果等诸多因素，以及是否存在法定的可以减轻或者加重刑罚的情节后，对其量刑进行全面评估。
4.审查证据：对所有提供的证据进行严格审查，确保这些证据具有合法性、关联性和充分性。
5.适用法律：在判决书中，根据被告人的犯罪事实和情节，适用相应的法律条款，做出最终的判决决定。
6.执行判决：一旦判决正式生效，被告人将按照判决结果接受相应的刑事制裁。

《中华人民共和国刑法》第二百三十六条
以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。
奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。
强奸妇女、奸淫幼女，有下列情形之一的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑：
（一）强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的；
（二）强奸妇女、奸淫幼女多人的；
（三）在公共场所当众强奸妇女、奸淫幼女的；
（四）二人以上轮奸的；
（五）奸淫不满十周岁的幼女或者造成幼女伤害的；
（六）致使被害人重伤、死亡或者造成其他严重后果的。