在犯罪嫌疑人成为取保候审对象并且在该期间能够严格遵循相关规定的前提下，退回其所缴纳的保证金通常会在刑事案件了结之后进行处理。若在该过程中，人民法院已作出生效判决或是检察院决定不予起诉，公安部门有义务立即将原本收取的保证金如数归还。
然而，倘若在取保候审期间出现任何违反规定的行为，那么公安部门有权没收这部分保证金。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第七十三条第三款：
“取保候审、监视居住的期限届满或者发现不应当追究刑事责任的，应当及时解除或者撤销取保候审、监视居住，并通知执行机关。解除或者撤销取保候审、监视居住，应当及时通知保证人解除担保，并退还保证金。