如果在公安局和在检察院的口供不一样，一般来说检察院会根据自己录的口供来进行起诉，公安机关的口供就不再作为证据提交。如果检察院把两份口供都提交的话，就会造成“翻供”，两份口供都成了没有效力的证据。

《刑事诉讼法》第五十五条对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚;没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。证据确实、充分，应当符合以下条件：
(一)定罪量刑的事实都有证据证明;
(二)据以定案的证据均经法定程序查证属实;
(三)综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。