在农村进行自建房时，如果房屋高度超过了规定标准，很有可能违反了城乡规划以及其他相关的规定。
这是因为城乡规划是为了合理布局和管理城乡空间，保障居民的生活质量和公共利益。
自建房超高可能会破坏整体的规划秩序，影响周边的环境和其他建筑的协调性。
通常情况下，当地的城乡规划部门会根据相关规定，责令建房者在一定的限期内进行改正，即拆除超高的部分，使房屋恢复到符合规划的高度。
这是为了维护城乡规划的严肃性和权威性，确保城乡建设的有序进行。
如果建房者在规定的期限内没有按照要求进行整改，那么相关部门就有权采取强制措施。
这些强制措施可能包括强制拆除超高部分，或者对建房者进行罚款等处罚，以确保城乡规划的执行。
此外，超高的部分还可能对周边邻居的采光和通风等权益造成影响。
邻居作为相邻权的主体，有权利要求建房者保证他们的基本生活权益不受侵害。
如果邻居提出异议，建房者需要积极妥善地处理这个问题，通过协商、赔偿等方式解决纠纷，避免引发更大的矛盾。
因此，建议建房者在开始自建房之前，及时与当地的城乡规划部门进行沟通，了解具体的处理要求和程序。
这样可以避免因为不了解规定而出现违规行为，同时也能够积极配合整改工作，及时解决可能出现的问题，避免产生不必要的法律纠纷和经济损失。
建房者应该树立正确的法律意识和规划意识，依法进行自建房活动，共同维护城乡的和谐与稳定。

案情回顾:

小朱在农村自建房，房屋高度超过规定标准。城乡规划部门责令其限期拆除超高部分，小朱未按要求整改。且超高部分影响了邻居小李的采光通风权益，小李提出异议，双方产生纠纷。

案情分析:

1、小朱自建房超高违反城乡规划及相关规定，破坏规划秩序，影响周边环境和建筑协调性。
2、小朱未在规定期限整改，相关部门有权采取强制拆除或罚款等措施，以维护规划严肃性。
3、小李作为相邻权主体，有权要求小朱保障其采光通风权益，小朱应积极协商、赔偿解决纠纷。