自营的超市如果是依法取得营业执照的，并且符合营业用房标准的，是可以主张商业用房赔偿的。
作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
(一)被征收房屋价值的补偿；
(二)因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
(三)因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条
作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
(一)被征收房屋价值的补偿;
(二)因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿;
(三)因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
第二十三条
对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。