根据土地管理法的有关规定，如果要征收基本农田，一般需要由国务院获批，也就是说只要征收基本农田的必须要经过国务院的批准，只有在国务院批准之后，市或者县得人民政府才可以组织实施征收动作。
由此，只要耕地被划入基本农田保护区的，按照法律的规定必须要严格保护。
除了法律规定的国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目的选址无法避开之外，其他的任何建设项目都不得占用基本农田；
如果是城市建设也必须要跳出已划定的基本农田区域，从而实现组团式、串联式的发展，并且不可以侵占基本农田建的新区，也不可以各种园区、或者建设开发区的名义实施非法圈地、或者占用基本农田。
对于农民已明确自己所承包的地属于基本农田的，且地方政府在没有获得国务院征地批文就实施的征地，属于违法行为，可向人民法院提起行政诉讼。

《中华人民共和国土地管理法》第四十五条征收下列土地的，由国务院批准：
(一)基本农田；
(二)基本农田以外的耕地超过三十五公顷的；
(三)其他土地超过七十公顷的。
征收前款规定以外的土地的，由省、自治区、直辖市人民政府批准，并报国务院备案。
征收农用地的，应当依照本法第四十四条的规定先行办理农用地转用审批。
其中，经国务院批准农用地转用的，同时办理征地审批手续，不再另行办理征地审批；
经省、自治区、直辖市人民政府在征地批准权限内批准农用地转用的，同时办理征地审批手续，不再另行办理征地审批，超过征地批准权限的，应当依照本条第一款的规定另行办理征地审批。