一、土地性质不同
棚户区改造房土地属于国家划拨的，属于经适房的一种，上市交易需要满足一定的条件。
而商品房的土地是开发商有偿购买的，开发商可自行规定其价格并出售。
二、法律适用不同
房屋拆迁适用于《土地管理法》的相关规定。
而对于棚改区，因为其属于国有土地，所以适用于《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定。
三、补偿标准不同
棚户区改造是政府为了改造城镇内的危旧住房推出的一项工程，补偿的费用通常比较低；
而商品房拆迁赔偿是拆迁人对于被拆迁人所给予的补偿，补偿费用比较高，通常补偿额度等同于所拆迁房的市场价值。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二条
为了公共利益的需要，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人（以下称被征收人）给予公平补偿。