协议拆迁通常有以下程序：
一、建设单位申请
建设单位若要进行拆迁，需向房屋拆迁管理部门提出正式申请。
在申请时，要同时提交一系列相关材料，比如建设项目批准文件，这是项目合法性的重要依据，能证明该建设项目经过了相关部门的审批；还有建设用地规划许可证，它明确了土地的规划用途和使用范围等。
这些材料齐全且符合要求，才能为后续拆迁工作打下基础。
二、审核与公告
房屋拆迁管理部门收到申请后，会对提交的材料进行严格审核。
审核通过后，会发布拆迁公告。
公告内容包括拆迁范围，会详细标明具体的地理位置和边界；还有拆迁期限，明确告知被拆迁人在什么时间段内需要完成搬迁等事项，让被拆迁人提前做好准备。
三、协商与签订协议
拆迁人与被拆迁人要就补偿方式（如货币补偿、房屋产权调换等）、补偿金额等重要事项展开协商。
在协商过程中，双方充分沟通各自需求和意见。
达成一致后签订拆迁补偿安置协议，协议中会明确双方权利义务，像补偿金额的具体数额、安置地点的详细信息、搬迁期限的具体日期等关键内容都会清晰写明。
四、实施拆迁
被拆迁人在规定期限内完成搬迁后，拆迁人会按照协议约定实施拆迁工作，确保拆迁过程有序进行。
五、后续监管
房屋拆迁管理部门会对整个拆迁过程进行监督检查，保障拆迁工作依法依规开展，切实维护被拆迁人的合法权益。

案情回顾:

小朱所在建设单位申请拆迁，提交建设项目批准文件等材料。管理部门审核通过后发布公告，明确拆迁范围与期限。小朱与被拆迁人小李协商补偿方式、金额等，签协议。但小李后称协议补偿金额低，拒绝搬迁，引发争议。

案情分析:

1、小朱所在单位申请拆迁时，提交材料应确保真实完整，如建设项目批准文件等缺失或不符，申请可能被驳回。
2、管理部门审核要严谨，公告内容需清晰准确，让被拆迁人明确相关信息。
3、协商环节双方应充分沟通，小朱方若补偿方案不合理，易引发矛盾。
4、小李若对协议有异议，应通过合法途径解决，不能擅自拒绝搬迁。
5、管理部门后续监管要到位，保障拆迁依法进行。