在拆迁款的发放这一环节，一般情况下是能够把款项分别打到两个账户中的。
这其中的操作依据主要有两点，一是拆迁协议的约定，二是相关部门所制定的规定。
假如拆迁协议清清楚楚地写明允许将拆迁款分别打入不同的账户，并且这种行为既符合法律规定，又遵循了相关的程序，那么这样做就是完全可行的。
比如，协议中明确规定了某某拆迁户的拆迁款应分别打入其本人的两个银行账户，且相关部门在审核过程中也确认了这种做法的合法性与合规性，那么款项就可以顺利地按照约定进行发放。
但要是拆迁协议里没有做出这样的约定，或者相关部门有着特定的发放要求，要是未经许可就擅自将拆迁款分别打入两个账户，那就很可能会引发一系列的法律问题。
像可能会引发款项发放过程中的争议，因为双方对于这种发放方式可能存在不同的理解；也可能会导致手续方面的不规范，给后续的管理和查询带来麻烦。
总之，到底能不能将拆迁款分别打给两个账户，必须要依据具体的拆迁协议以及相关的规定来进行确定。
如果在这个过程中存在任何疑问，那么最好是及时与拆迁部门取得联系，或者咨询专业的律师，这样才能确保拆迁款的发放事宜能够合法合规地得到处理。

案情回顾:

小朱所在的区域面临拆迁，小朱的拆迁协议未明确拆迁款是否能打入两个账户。小胡作为相关部门工作人员，未经许可将小朱的拆迁款打入两个账户。小朱认为这不合理，担心后续问题，而小胡觉得没什么问题，双方产生争议。

案情分析:

1、若拆迁协议无约定，相关部门也无此许可，小胡的做法可能不符合规定，存在引发争议风险。
2、这种擅自操作可能导致手续不规范，不利于后续管理和查询，小朱有理由质疑，小胡应按规定操作。