房屋跑水进行司法鉴定时，所需的费用一开始是由申请鉴定的那一方先垫付出去。
而到底最后由谁来承担这些费用，得依据鉴定出来的结果来判定。
要是鉴定结果显示是对方的缘故使得房屋跑水了，那自然就该由对方去承担鉴定费用；
要是鉴定结果表明是申请鉴定的这一方自身的原因导致房屋跑水的话，那么这笔鉴定费用就由申请鉴定的这一方自己来承担。
在实际的司法活动当中，具体的费用承担方式往往会因为各个案件的具体情形以及法院所做出的判决而存在差异。
要是双方对鉴定费用的承担问题产生了争议，那么在诉讼的过程当中，双方都可以向法院提出申请，让法院依据案件的实际状况来做出裁决。
这样就能确保在房屋跑水司法鉴定费用的承担问题上，能够得到一个公平、合理的处理结果，既不会让无辜的一方承担不该承担的费用，也能让有过错的一方承担起应有的责任。