在征收过程中仅持有土地使用权证书而未持有房屋所有权证书时，尽管如此，政府仍然应该予以适当的赔偿。
原因在于政府或开发商征收土地的目的并非仅仅是为了获取土地上的附属财产，更重要的是土地本身所具有的使用价值。
因此，他们理应对此进行相应的补偿，且补偿标准不得低于该地区土地市场价格的水平。

《土地管理法》第四十八条
征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。
征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。
征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。