针对非法运营所导致的交通事故，尽管行为存在违法性质，但对于保险公司来说，依据双方签署的合约规定，保险公司仍然需要依照条款对受害方做出相应赔偿。具体而言，根据我国《机动车交通事故责任强制保险条例》中的相关规定，保险公司有权拒绝赔偿的情形主要包括以下几方面：
首先，驾驶人员未能取得驾驶资格或在饮酒状态下驾车；
其次，被保险车辆在被盗窃、抢劫期间发生的交通事故；
再次，被保险人故意制造的道路交通事故；
最后，受害人故意造成的交通事故。因此，当非法运营引发交通事故时，保险公司应当在其所能提供的交强险限额内，对受害人的物质及精神损害进行赔偿，同时也需对机动车在道路交通事故中负有责任的赔偿限额负责。
在实际操作过程中，保险公司通常会与汽车维修店建立直接的合作关系，以便于在完成维修工作后，由维修店直接与保险公司进行结算，从而避免车主过多地参与其中。若维修店并无与保险公司的合作关系，车主则可自行前往保险公司柜台申请理赔，待达成赔偿协议后，保险公司将在十个工作日内支付相应的保险金。
此外，保险公司在赔付完被保险人的损失之后，法律还赋予了其向真正肇事方进行索赔的权利。在此种情况下，被保险人不得以已获得赔偿为由，拒绝协助甚至阻挠保险公司向真正的肇事方进行索赔。
关于保险公司的理赔范围，根据我国相关法规，在发生交通事故的情况下，保险公司应对机动车第三者责任强制保险责任限额内的损失进行赔偿；如赔偿金额不足，则由承保商业三者险的保险公司根据保险合同予以补充赔偿；如仍有不足之处，或者未投保商业险，则按照事故责任划分由个人承担相应责任。

《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十七条
被保险机动车发生道路交通事故，被保险人或者受害人通知保险公司的，保险公司应当立即给予答复，告知被保险人或者受害人具体的赔偿程序等有关事项。