可以通过以下方法管理劳动合同：
1、制止和纠正违反劳动法律、法规、政策和劳动合同的行为；
2、建立一套科学的劳动合同管理制度，包括相配套的管理办法；
3、对用人单位的劳动合同管理工作进行业务指导；
4、督促、检查、指导用人单位与劳动者依照劳动法律、劳动法规及有关政策签订劳动合同，切实履行劳动合同；
5、设立专门的部门和指定专人管理劳动合同。

《中华人民共和国劳动合同法》第四条
用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。
用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。