关于工伤款的使用和分配，有以下几点需要明确：
1.工伤款用途：工伤款主要是用于支付工伤员工在受伤期间产生的各类费用，比如医疗费用，包括检查、治疗、康复等各项开支；
还有伤残津贴，以保障工伤员工因伤残而在生活和经济上的基本需求等相关费用，原则上不应分配给公司。
2.赔偿流程：在工伤赔偿流程中，相关费用一般由工伤保险基金支付给工伤员工或其家属。
若公司为员工购买了商业雇主责任险等，只有在符合保险合同约定的情况下，才可依据保险条款获得相应赔偿，且这也不是将款项分配给公司的理由。
3.协议约定：若公司与工伤员工就工伤赔偿事宜达成协议，约定将部分工伤款用于公司相关支出，必须确保该协议合法合规，不能损害工伤员工的合法权益。
总之，工伤款应着重保障工伤员工的权益，不可随意分配给公司，具体要根据实际法律规定和相关协议确定。

案情回顾:

小朱在工作中受伤，获得工伤款。公司认为部分款项应分配给公司，小朱则认为工伤款应保障自身权益，用于自身受伤期间费用，双方就工伤款的使用和分配产生争议。

案情分析:

1、工伤款用途明确是用于工伤员工受伤期间各类费用，如医疗、伤残津贴等，原则上不应分配给公司，公司主张分配缺乏依据。
2、赔偿流程规定相关费用由工伤保险基金支付给员工或家属，公司即便有商业险获赔也非分配款项给公司理由。
3、若有协议约定部分工伤款用于公司支出，必须合法合规且不能损害员工权益，否则协议无效。