员工申请工伤认定后，公司需承担相应赔偿责任，具体情况如下：
1.医疗及康复费用：公司应支付工伤职工治疗工伤的医疗费用和康复费用。
这涵盖了职工因工伤进行诊断、治疗、康复训练等所产生的合理费用，确保职工能得到及时有效的治疗和康复。
2.住院及停工待遇：按规定支付职工住院伙食补助费。
在停工留薪期内，职工原工资福利待遇不变，由公司按月支付，保障职工在修养期间的基本生活。
3.生活护理费用：经劳动能力鉴定委员会确认需要生活护理的，公司要支付生活护理费，以满足职工生活护理需求。
4.伤残补助：若职工致残，公司需支付一次性伤残补助金等。
对于五至十级伤残，劳动合同期满终止，或者职工本人提出解除劳动合同的，公司还需支付一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金。
5.未缴费情况：公司未依法缴纳工伤保险费，发生工伤事故的，由公司支付工伤保险待遇。
若公司不支付，先从工伤保险基金中先行支付，之后公司需偿还。

案情回顾:

小朱在工作中受伤后申请工伤认定。公司起初拒绝承担赔偿责任，争议点在于公司认为小朱部分康复费用不合理不应支付，且在小朱停工留薪期只发基本工资，小朱认为应按原工资福利待遇发放。另外，小朱致残后，公司对伤残补助支付存在异议。

案情分析:

1、对于医疗及康复费用，只要是工伤治疗与康复产生的合理费用，公司应支付，不能随意以不合理为由拒付。
2、停工留薪期内，按规定公司需保障小朱原工资福利待遇不变，只发基本工资不符合法律要求。
3、职工致残，公司需依法支付相应伤残补助，不能无故拖延或拒绝支付。
4、若公司未依法缴费，发生工伤应承担支付责任，不能逃避。