1.工伤认定：
当员工发生工伤事故后，公司有责任在事故发生之日起30日内，向统筹地区的社会保险行政部门提出工伤认定申请。
若公司未按时申请，职工本人、其直系亲属或者工会组织可在1年内提出申请。
只有经过相关部门认定为工伤后，后续的赔付流程才能正式开启。
2.赔付范围：
赔付范围较为广泛，涵盖了医疗费，即工伤治疗所产生的合理费用；
住院伙食补助费，用于补贴员工住院期间的饮食开销；
还有交通食宿费、康复治疗费、辅助器具费等。
此外，停工留薪期工资保障员工受伤期间的收入，生活护理费照顾生活不便的员工，一次性伤残补助金则针对伤残情况给予补偿。
3.赔付流程：
员工完成治疗后，需将相关医疗费用凭证等资料提交给公司。
公司收到资料后，会向工伤保险经办机构申报赔付。
经办机构会仔细审核资料，确认无误后，按照规定支付相应的费用。
4.特殊情况：
若用人单位未依法缴纳工伤保险，那么工伤保险待遇就需由用人单位来支付。
公司购买工伤保险后，要严格按法定程序进行工伤认定，保障员工赔付权益。

案情回顾:

小朱在工作中受伤，公司未在30日内申请工伤认定。小朱自行申请并被认定为工伤。治疗结束后，小朱提交资料给公司申报赔付，但公司认为部分医疗费用不合理，拒绝申报，双方产生争议。

案情分析:

1、公司未按时申请工伤认定，违反相关规定，小朱在规定时间内自行申请是合理合法的。
2、对于医疗费用的合理性认定，应依据工伤治疗的实际需求和相关标准，不能随意主观判断。
3、公司既然已确认小朱工伤，就应按规定向经办机构申报赔付，保障小朱的合法权益。
4、若公司坚持错误做法，小朱可通过法律途径维护自身在赔付范围和流程上的应有权益。