摩托车被水冲走了，机动车所有人前往登记地车辆管理所申请注销登记，填写申请书，提交机动车登记证书、号牌和行驶证。因自然灾害、失火、交通事故等造成机动车灭失的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请注销登记。

《机动车登记规定》第三十七条
机动车有下列情形之一的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请注销登记：
（一）机动车已达到国家强制报废标准的；
（二）机动车未达到国家强制报废标准，机动车所有人自愿报废的；
（三）因自然灾害、失火、交通事故等造成机动车灭失的；
（四）机动车因故不在我国境内使用的；
（五）因质量问题退车的。
属于第一款第四项、第五项规定情形的，机动车所有人申请注销登记前，应当将涉及该车的道路交通安全违法行为和交通事故处理完毕。
属于二手车出口符合第一款第四项规定情形的，二手车出口企业应当在机动车办理海关出口通关手续后二个月内申请注销登记。