交通肇事罪的处理流程在检察机关的阶段主要包括审查起诉以及可能出现的退回补充侦查环节。当检察机关接收到公安机关移送的相关案件材料之后，将在一个月之内对其进行全面细致的审查，对于案情较为复杂的情况，则可以适当延长半个月的期限。若经审查发现证据存在不足之处，检察机关有权依法将案件退回公安机关进行补充侦查，但补充侦查的次数不得超过两次，每次补充侦查的期限为一个月。经过上述程序之后，检察机关将会根据实际情况作出是否向法院提起公诉的决定。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十二条检察机关对于公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长十五日；犯罪嫌疑人认罪认罚，符合速裁程序适用条件的，应当在十日以内作出决定，对可能判处的有期徒刑超过一年的，可以延长至十五日。